Unutar odsjeka i katedri Građevinskog fakulteta djeluju  instituti na kojima se odvija stručni rad. To su:

– Institut za materijale i konstrukcije

– Institut za geotehniku i geološko inženjerstvo

– Institut za hidrotehniku i okolišno inženjerstvo

– Institut za saobraćajnice

– Institut za geodeziju i geoinformatiku.