Unutar odsjeka i katedri Građevinskog fakulteta djeluju instituti na kojima se odvija stručni rad. To su:
– Institut za materijale i konstrukcije
– Institut za geotehniku i geološko inženjerstvo
– Institut za hidrotehniku i okolišno inženjerstvo
– Institut za saobraćajnice
– Institut za geodeziju i geoinformatiku.